محاسبه جریمه اضافه بنا در صلاحیت کمیسیون ماده ۱۰۰ قانون شهرداری است. این کمیسیون می‌تواند تا دو برابر قیمت منطقه‌ای ملک جریمه تعیین کند. برای اعتراض به رأی کمیسیون ماده ۱۰۰، مرجع صالح کمیسیون تجدیدنظر است. رأی کمیسیون تجدیدنظر قطعی است مگر در موارد استثنائی که در دیوان عدالت اداری قابل شکایت باشد.

مراحل اعتراض: ۱. پس از ابلاغ رأی کمیسیون ماده ۱۰۰، در مهلت قانونی (معمولاً ۱۰ روز) به کمیسیون تجدیدنظر مراجعه کنید. ۲. دلایل خود را مانند عدم تناسب جریمه، مغایرت با ضوابط شهرسازی یا محاسبه نادرست ارائه دهید. ۳. در صورت عدم موفقیت در کمیسیون تجدیدنظر، می‌توانید به دیوان عدالت اداری شکایت کنید. تشخیص دقیق مسیر حقوقی به مدارک، قرارداد و وضعیت ثبتی ملک بستگی دارد.